بدأ خدمته في مصر شهر كانون الثاني (يناير) من عام 2013، إلى تشرين الثاني (نوفمبر) عام 2018، وكانت فترة خدمته مباركة ومملوءة بالنشاط الرعوي والإداري، إذ يشهد أبناء الكنيستين السريانية والقبطية في مصر على ما قدمه من أجل توطيد العلاقة بين الكنيستين، من خلال الأنشطة والخدمة المشتركة بين الشباب، والخدمة مع أنشطة أسقفية الشباب، بالإضافة إلى حبه لزيارة الأديرة القبطية، لذلك أحبه الأقباط الذين عرفوه، إذ ودعه الجميع بحفل مهيب عند انتهاء فترة خدمته في مصر، حيث نظم شعب كنيسة السيدة العذراء احتفالية توديع للربان كيرلس، شارك فيها عدد من أحبار الكنيسة القبطية، كما شارك أيضاً أكثر من 25 كاهناً من بينهم طلبة الكلية الإكليريكية، وأبناء الكنيسة السريانية في القاهرة. وخلال الاحتفال قال نيافة الأنبا موسى أسقف عام الشباب أن اسم (كيرلس) مرتبط بالكنيسة المصرية القبطية، وإن الأب كيرلس تربطه علاقة قوية بالقديس العظيم قداسة البابا كيرلس السادس، ثم قدم الأب كيرلس مسعودي الشكر لجميع الحضور من شعب الكنيستين، بعد ذلك انتقل للخدمة في أبرشية ألمانيا لمدة ثلاث سنوات تقريباً، وهو يخدم الآن في دمشق
